一、所得税清算
1、需要进行所得税清算的主要对象：《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）第二条指出，《公司法》、《企业破产法》等规定需要进行清算的企业，企业重组中需要按清算处理的企业。
2、需要进行所得税清算的主要情形：《国家税务总局关于印发<企业所得税汇算清缴管理办法>的通知》（国税发〔2009〕79号）第四条规定，纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销等终止生产经营情形，需进行企业所得税清算的，应在清算前报告主管税务机关，并自实际经营终止之日起60日内进行汇算清缴，结清应缴应退企业所得税款；纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，杭州公司注册代理应当自停止生产、经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
二、土地增值税清算
1、需要进行土地增值税清算的主要对象：《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第九条规定，纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算：
（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
（3）直接转让土地使用权的。
应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。
2、需要进行土地增值税清算的主要情形：国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发〔2009〕91号）第十条规定，对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
（1）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
（3）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
（4）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。
对前款所列第（3）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。对于可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。
三、个人所得税清算
个人所得税中涉及汇算清缴外，有一种情形比较特殊。《财政部、国家税务总局、中国证券监督管理委员会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的补充通知》（财税〔2010〕70号）规定，纳税人转让限售股后，应在次月七日内到主管税务机关填报《限售股转让所得个人所得税清算申报表》，自行申报纳税。主管税务机关审核确认后应开具完税凭证，杭州公司注册代理纳税人应持完税凭证、《限售股转让所得个人所得税清算申报表》复印件到证券登记结算公司办理限售股过户手续。纳税人未提供完税凭证和《限售股转让所得个人所得税清算申报表》复印件的，证券登记结算公司不予办理过户。
（1）个人协议转让限售股；
（2）个人持有的限售股被司法扣划；
（3）个人因依法继承或家庭财产分割让渡限售股所有权；
（4）个人用限售股偿还上市公司股权分置改革中由大股东代其向流通股股东支付的对价。
四、出口退免税清算
出口退免税中除注销清算外还有一种特殊的情形需要进行清算。《国家税务总局关于发布<适用增值税零税率应税服务退（免）税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2014年第11号）第十一条规定，增值税零税率应税服务提供者按规定需变更增值税退（免）税办法的，主管税务机关应按照现行规定进行退（免）税清算，在结清税款后方可办理变更。
五、全税种清算
纳税人注销需要结清全部税款外，另有两种特殊的情形也需要进行全部税款的清算。
1、税收保全和强制执行情形：《国家税务总局征收管理司关于下发<税务稽查工作报告制度〈编表说明〉>的通知》（国税征函〔1995〕011号）指出，税务稽查机构在进行税收保全、强制执行措施的时候，纳税人提交了纳税保证金：对本领取营业执照从事工程承包或者提供劳务的单位和个人，税务机关可以令其提交纳税保证金。有关单位和个人应当在规定的期限内到税务机关进行纳税清算；逾期未清算的，杭州公司注册代理以保证金抵缴税款。
2、欠税阻止出境情形：《国家税务总局征收管理司关于下发<税务稽查工作报告制度〈编表说明〉>的通知》（国税征函〔1995〕011号）指出，欠缴税款的纳税人需要出境的，应当在出境前向税务机关结清应纳税款或者提供担保。未结清税款，又不提供担保的，税务机关可以通知出境管理机关阻止其出境。