三类医疗器械经营许可证办理手续如下：

1.掌握相关法律法规：在申请第三类医疗器械营业执照前，应深入了解国家有关法律法规和标准，确保自身情况符合批准规定。

2.提前准备相关信息：包括医疗器械经营许可证申请表、公司营业执照、法定代表人身份证明、经营场所和仓库地理图和平面设计图、经营设施设备明细、经营质量管理体系、工作流程等文件名称。

3.提交申请并待审：向当地食品药品监督管理部门提出申请并待审：提交申请，耐心等待审批结果。

4.监督检查和工程验收:如果提交的申请材料获得批准，有关部门将提供监督检查和验收。

5.取得许可证：企业在相关过程中成功批准验收的，有关部门将授予第三类医疗器械经营许可证。

常见问题：

1.确保提交的信息真实、准确、详细。

2.必须有自己的仓库，而且仓库需要设置冷库，因为第三类医疗器械必须保温。

3.加强对员工的培训和管理，确保员工具有相应的资质和能力。