众所周知，企业所得税是法人所得税，如果建筑企业在施工地设立了公司，自然属于当地的企业，也就不存在异地缴纳税款的问题，只要按《企业所得税法》的规定缴纳企业所得税即可。难就难在企业在项目所在地没有成立单独的子公司，只是设了一些项目部和指挥部之类的机构，或是分公司。如单纯从企业所得税是法人所得税的角度出发来看，杭州代办注册公司项目所在地这些无论项目部，还是指挥部，还是分公司，都不存在交纳企业所得税的问题。但由于税收涉及到项目所在地地方政府的财政收入，也为了建筑施工企业在项目地开展工作更为顺利，所以，不仅增值税要在项目地预缴税款，企业所得税也是如此。较之于增值税的预缴企业所得税复杂一些。要分为几种情况来分别考量。
第一种情况，只在项目地设立项目部或指挥部。
按项目实际经营收入的0.2%，按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。这里的实际经营收入不扣除分包和其他扣除支付给其他单位的款项。
第二种情况，在项目地设立有二级分支机构。
这里的二级分支机构主要说的是分公司。比如，中国建筑总公司陕西分公司。
总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照上年度各省市分支机构的营业收入、杭州代办注册公司职工薪酬和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50％在各分支机构之间进行分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库。
第三种情况，在项目所在地既设有二级分支机构，又设有项目部。
总机构先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照“只设二级分支机构”方法计算总、分支机构应缴纳的税款。总机构、项目部、各分支机构在各自所在地就地预缴税款。
企业的年度汇算清缴由总机构统一进行，杭州代办注册公司项目部与二级分支机构不进行汇算清缴。
政策法律依据：
1、《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）；
2、《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（2012年第57号）